- جنگ جمل با گروهی از پیمان شکنان ( شکستن بیعت با حضرت ) به رهبری طلحه وزبیر وتشویق عایشه که به دلیل نقض پیمان به ” ناکثین ” تعبیر شد. این جنگ در سال 36هجری درنزدیکی بصره باکشته شدن ده تا بیست هزارتن ازناکثین وشهادت تنها ده تن ازیاران امام درمدت یک روز پایان یافت . علت این بود که طلحه وزبیر خودراپس ازپیامبر محق بر حکومت می دیدند . همیشه مترصد بودند رهبری امت را به عهده بگیرند ولی دردوران سه خلیفه موفق نشدند تااین که پس از کشته شدن عثمان همه ی حوادث را به نفع خود تعبیر کردند وتوطئه خود بر علیه امام را شروع کردند. ازطرفی اگر خودرا لایق خلافت نمی دیدند توقع حکمرانی شام برای زبیر وعراق برای طلحه با آن همه افتخارات وسابقه جهادی زمان پیامبر جایگاه ویژه ای درحکومت امام علی داشته باشند . ازطرفی چون درامرحکومت با آنان مشورت نمی شد کینه ی بیشتری دردل گرفتند . پس یکی  عدل علی را برنمی تابیدند  ودیگری خونخواهی عثمان که احساسات مردم عادی را جریحه دارکرده بودرا بهانه واین جنگ را دامن زدند. طرف مخاصم چون بیعت شکنی کرده و مأموران حکومتی بصره  را به قتل رسانیده بودند ولی باز حضرت مولا به آنان فرصت دادتا به متارکه ی جنگ بپردازند.اتمام حجت مذاکرات فراوان باعث شد تا زبیر صحنه جنگ را ترک نماید. حضرت در سه روز فرصتی که داد با تمام تحریکات وشوق طرفدارانش به جنگ هرگز حمله را آغاز نکرد ولی دشمن چندین بار به لشکرامام یورش برد بازهم امام دستور حمله نداد به صورتی که مورد اعتراض ابن عباس یکی ازفرماندهان سپاه خود واقع شد .امام برای ترک جنگ به یکی از اصحاب قرآن داد تا ازدشمن بخواهد حکم کتاب الهی را گردن نهند ولی نه تنها به موعظه عمل نکردند بلکه حامل قرآن راکشتند . برخی از علمای اهل سنت مانندابوحنیفه ، عبدالقاهرجرجانی ، ابن کثیر ، ابوالمعالی وابن حجرو... امام رادرجنگ محق دانسته ومخالفانش را یاغی واهل آتش دانسته اند .  

2-جنگ صفین  ( با قاسطین):

معاویه که اززمان دوخلیفه قبل حاکم شام بود انتظار داشت بعد از قتل عثمان هم چنان حاکم باقی بماند . حضرت درآغاز حکومت خود نمایندگانی رابرای گرفتن بیعت به سوی معاویه فرستاد که معاویه با مشورت با عمروعاص  بهنماینده جواب منفی نداد ولی فرستاده امام بنام جریر را مدتی پیش خود نگاه داشت تا بتواند خودرابرای نبرد باحضرت آماده کند. 4ماه پس از جنگ جمل ، جنگ صفین در شوال سال 36آغازشد. پیامبر ازپیش فرموده بودنداگر معاویه برمنبر من رفتند اورابکشید . وفرموده دیگرش این بود که عماریاسر درجنگ اهل عراق وشام ودرجبهه حق شهید خواهد شد. حقانیت حضرت مولادراین جنگ هم مسلم است .

3-   جنگ نهروان (مارقین)

 یک سال ازجنگ صفین نگذشته درسال 38قمری جنگ امام درناحیه ای به نام ”نهروان” با خوارج درگرفت . خوارج به سرکردگی عقیدتی  ”حرقوص” ازافراد متدین  ومقدس بودند که تدین خودرا  ازمولا نیز جلو انداخته بودند. اینان درمسایل سیاسی بسیار ضعیف وهمان هایی بودند که حضرت علی رادرجنگ صفین وادار کردند که با ید بامعاویه صلح کند وگرنه کشته می شود . اینان همان کسانی هستندکه درزمان پیامبر به تقسیم غنایم او اعتراض داشتند که چرا ایشان سهم بیشتری به مشرکان تازه مسلمان میدهد.   

خوارج با این که درصفین امام را وادار به حکمیت و مصالحه با معاویه کردند ولی بعدها  بنا به عقیده خود حکمیت را گناه وکفر تلقی وگفتند حاکمی جز خدا وجود ندارد ولذا خود توبه کردند وامام رانیزواداربه توبه نمودندکه امام نپذیرفت . چون دولشکر امام ومعاویه میدان جهاد را ترک کرده بودند گروهی از مخالفان حکمیت به تعداد دوازده هزارنفر به سرکردگی عبدالله بن وهب از جبهه حضرت جدا ودرناحیه ی حرورا  ونخیله مستقر شدند . آنان به عنوان اعتراض به نماز جماعت حضرت حاضر نشدند وبنای تکفیر امام را نهادند . امام اعتراض وتکفیر آنان را نادیده گرفته حقوق آنان را ازبیت المال می پرداختند ولی آنان دست از عناد برنمی داشتند . خوارج به کشتار شیعیان دست زدند . تا جایی که عبدالله بن خباب وهمسر حامله اش را سربریدند وسه زن دیگرازقبیله ”طی ” را نیز کشتند . خبر به اما م رسید با این که درراه جنگ دوم بامعاویه بود کسی بنام حارث را برای صحت خبر به سوی خوارج فرستاد . این فرستاده را نیز کشتند . حضرت مداراولی قاتلین را خواستند تا قصاص شوندلکن ازتحویل قاتلین خودداری کردند .خوارج اطلاع دادند که قاتلی درکار نبوده ماهمگان آن هاراکشته وریختن خون آنان وحتی شما نیز برای خود مباح می دانیم  .چون حضرت بالشکریان به سوی معاویه می رفتند واز گذاشتن اهالی کوفه درکنار این گروه قاتل نگران واحتمال کشتار بی رحمانه سکنه کوفه اززن وبچه می رفت لذا شروع به جنگ معاویه را رها کرده به سوی خوارج برگشتند .سفیرانی برای حسن نیت حتی فرد خوش نامی به نام ابن عباس را به سوی خوارج فرستادولی آنان عزم خودرا بر جنگ باحضرت جزم کرده بودند . حضرت بازهم خود به سوی آنان رفت وچندین سخنرانی برای آنان کردبه طوری که دوهزار نفر از لشکر خوارج به مولا پیوستند . چون خوارج به مخاصمه باحضرت پای فشردند . حضرت پرچم رابه دست ابو ایوب انصاری صحابه معروف پیامبرداد تا هرکس ازقرارگاه خارج وبه کوفه یا مداین برود ویا درزیرآن پرچم قرارگیرد درامان باشد .این بار نیز پنج هزار نفر ازخوارج  جدا وبه حضرت پیوستند . گروهی نیز به کوفه ومداین رفتند . تنها دوهزاروهشتصد تن ماندند وجان خودرابه هدردادند